Zgodnie z Obwieszczeniem Ministra Sprawiedliwości z dnia 15 lutego 2016 r. w sprawie wykazu jednostek organizacyjnych podległych Ministrowi Sprawiedliwości lub przez niego nadzorowanych (M. P. 2016 poz.205), jednostkami organizacyjnymi podległymi Ministrowi lub przez niego nadzorowanymi są:

Jednostki organizacyjne podległe:

1. Instytut Ekspertyz Sądowych im. prof. dra Jana Sehna w Krakowie
2. Instytut Wymiaru Sprawiedliwości
3. Centralny Zarząd Służby Więziennej
4. Okręgowe inspektoraty Służby Więziennej
5. Areszty śledcze
6. Zakłady karne
7. Centralny Ośrodek Szkolenia Służby Więziennej w Kulach
8. Ośrodki szkolenia Służby Więziennej
9. Ośrodek Szkolenia Służby Więziennej w Suchej
10. Schroniska dla nieletnich i zakłady poprawcze
11. Ośrodek Doskonalenia Kadr Służby Więziennej w Olszanicy

Jednostki organizacyjne nadzorowane:

1. Krajowa Szkoła Sądownictwa i Prokuratury
2. Sądy powszechne – w zakresie nadzoru administracyjnego Ministra Sprawiedliwości nad działalnością administracyjną sądów
3. Sądy wojskowe – w zakresie zwierzchniego nadzoru Ministra Sprawiedliwości w zakresie organizacji i działalności administracyjnej sądów
4. Izby morskie – w zakresie zwierzchniego nadzoru Ministra Sprawiedliwości nad działalnością przewodniczących i wiceprzewodniczących tych izb oraz trybu postępowania przed izbami
5. Ośrodki kuratorskie
6. Opiniodawcze zespoły sądowych specjalistów

Szczegółowy wykaz jednostek zamieszczony jest w Obwieszczeniu Ministra Sprawiedliwości.